Le due batterie grandi sono in parallelo perché i Servizi in genere necessitano di tanta energia; io sulla mia barca ne avevo due grandi in parallelo e poi ne ho messa una sola per servizi, con capacità doppia rispetto a quelle che avevo prima (doppia di una sola batteria).
Veniamo al tuo impianto. A distanza è difficile ma ti dico subito che l'Alternatore dovrebbe andare ad un Ripartitore di carica e poi da questo si partono due fili, uno per ricaricare la batteria Motore e l'altro per i servizi.
Il CaricaBatterie in genere ha già due uscite da collegare alle due batterie Mot. e Servizi.
Il fatto che tu una volta abbia scaricato anche la batteria motore lasciando un servizio acceso non va bene, e quindi dovresti controllare o far controllare bene come girano i fili.
Auguri