Allora, le batterie sono in parallelo solo quando gli staccabatterie positivi sono entrambi chiusi, se uno dei due e' aperto sia i servizi che il motore sono serviti dall'altra batteria. Io inserirei un terzo staccabatterie sulla linea che unisce i due staccabatterie cosi' da evitare il parallelo quando non voluto.
Non si capisce se il collegamento al motore riguarda il motorino di avviamento, l'alternatore od entrambi... se riguarda anche l'alternatore vuol dire che non c'e' ripartitore di carica e quindi quando vai a motore devi mettere in parallelo per ricaricare entrambe le batterie, oppure caricarle alternativamente (occhio a lasciarne sempre una collegata quando hai il motore acceso altrimenti puoi danneggiare l'alternatore!); io comunque metterei un ripartitore attivo o a bassa caduta di tensione, cosi' elimini la necessita' di parallelare le batterie.
Per il caricabatterie, ne metterei uno a due uscite separate (una per ogni batteria) collegato direttamente ai poli delle batterie, comunque prima degli staccabatterie... per quanto riguarda il regolatore del pannello solare, me ne fregherei di prenderne uno con doppia uscita (che costa una cifra) e metterei sotto carica solo la batteria servizi, sempre collegandola direttamente ai poli, tanto alla batteria motore basta la ricarica dell'alternatore e se proprio ti si dovesse scaricare puoi sempre usare quella servizi per avviare il motore.