Aspetta... secondo lo schema, se chiudi un solo staccabatteria non vuol dire che le batterie sono in parallelo ma che quella singola batteria collegata assolve le funzioni di sia di batteria motore e che servizi, mentra l'altra e' a riposo scollegata dall'impianto. Solo nel momento in cui chiudi anche il secondo staccabatterie vai a mettere in parallelo anche la seconda batteria, attraverso il ponticello che unisce i due staccabatterie positivi...
E' un tipo di impianto per il quale non e' prevista una differenziazione tra batteria motore e batteria servizi, quanto piuttosto prevede che ne usi una, la esaurisci e poi passi all'altra. Personalmente non mi piace questo tipo di approccio, spesso dettato dai minori costi di realizzazione per il cantiere che in questa maniera risparmia sui ripartitori di carica e caricabatterie, a discapito della funzionalita' e longevita' delle batterie (che non gradiscono i passaggi in parallelo se sono a livelli di carica differenti).
Io inserirei un nuovo staccabatterie sul ponticello, in modo da separare bene le funzioni di motore e servizi, ed anche in ricarica le gestirei in maniera separata con caricabaterie doppio e ripartitore per l'alternatore; questa configurazione ti consentirebbe in ogni caso di poter usare, in emergenza, la batteria servizi per avviare il motore e viceversa.
Se vuoi invece lasciare tutto cosi' com'e', ti conviene attestare il caricabatterie nello stesso punto dove arrivano i cavi dell'alternatore (lati 'esterni' dello staccabatterie negativo e di quello positivo in basso): in questa maniera se una batteria dovesse andare in corto la puoi isolare con lo staccabatterie e ricaricare l'altra, se invece lo attesti direttamente su una delle batterie e quella si fotte, ti precludi l'uso del caricabatterie per l'altra batteria (oltre al fatto che per ricaricare l'altra devi in ogni caso chiudere entrambi gli staccabaterie).