dopo che ho visto la barca e l'impianto, premesso che chiederai di certo chiarimenti ad APPUI....
Ho dimenticato di dirti una cosa, e ritengo che l'impianto sia già a posto.
Tu dici che la terza batteria sia dedicata ad hoc per il solo motore giusto.
Bene, fai una prova....
Stacca la batteria che tu pensi sia dedicata, e metti il commutatore su all, ovvero alimentazione in uscita di tutte le batterie.
se provi a mettere in moto e funziona sei a posto l'impianto è già ok. Rimetti tutto com'era e metti alla fine il coomutatore in off, se il motore resta alimentato devi semplicemtne interrompere il positico con un banalissimo staccabatteria.
Diversamente se quanto detto non è cosi, premesso il chiarimento sul circuito di APPUI, fatti fare uno schema, devi solo cambiare qualche collegamento, vedrai che sarà una fesseria.
Se poi non ci riesci come sai ci dovrò capitare e gli daremo un'occhio.