autopilota funziona solo ogni tanto

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Buongiorno.
La barca è un Beneteau 373 del 2004. L'autopilota Raymarine consiste in una bussola fluxgate, un computer che non sono riuscito a localizzare (a proposito, qualcuno mi consiglia dove cercare?) ma che dovrebbe essere un S2 o S3(G?) perché quelli erano in produzione in quel periodo, e un'unità di controllo ST6002. L'attuatore non è il problema.
Un paio d'anni fa, senza evidente motivo, l'autopilota aveva smesso improvvisamente di funzionare (non manteneva la rotta); dopo avere completato senza problemi la procedura di calibrazione riportata nel manuale il problema si è risolto.
Qualche giorno fa ho avuto lo stesso problema; nuova calibrazione e funzionamento ripristinato. Solo che dopo un paio di giorni il sistema era nuovamente starato e, brutta novità, questa volta girando la barca la rotta indicata dall'ST6002 non variava o variava in modo non credibile (passando improvvisamente da 20 a 240, faccio per dire). Per telefono il tecnico mi ha detto che questo significava che il sistema era guasto e che avrei dovuto farlo intervenire per individuare la componente rotta. Ieri sono uscito e a fine giornata, tanto per provare, ho acceso il pilota che dava letture credibili e che si è lasciato calibrare perfettamente al primo tentativo. Nessuno spostamento di materiale metallico nel frattempo.
Segnalo che ho le batterie completamente a terra e che non ho fatto in tempo a sistemarle, ma che ho fatto tutte le prove di cui sopra a motore acceso senza mai ricevere messaggi "low battery". Ieri, per quello che può valere, avevo smotorato per un po', mentre il tentativo fallito era stato fatto appena uscito.
Ora, è chiaro che non ho la capacità di tentare un'autoriparazione; il problema è che non vorrei chiamare il tecnico, organizzare (con difficoltà per motivi di disponibilità di tempo in giorni feriali) un'uscita insieme per poi avere un sistema che quel giorno funziona.
Qualcuno ha un'idea di quale potrebbe essere la variabile? Le batterie possono entrarci qualcosa? (la coincidenza temporale è notevole, ma non capisco lo stesso). Mi è venuta l'idea folle che attorno alle batterie si crei un significativo campo magnetico solo quando sono in carica da zero e non quando rimangono più o meno sempre quasi cariche, ma è appunto una idea folle. Può valere la pena aspettare di avere avuto il tempo di cambiare le batterie (non so quando) prima di chiamare il tecnico o veramente sono due cose assolutamente indipendenti?
Grazie comunque dell'attenzione.