Non dici l'essenziale: tipo delle batterie e regolazione della carica dall'alternatore.
Ti suggerisco di mettere un alternatore di potenza, almeno 120 A preferibilmente a eccitazione esterna, un regolatore dell'alternatore intelligente e batterie cicliche da trazione, vedrai che non avrai più problemi.
Io lo ho fatto da 20 anni e faccio sempre rada, se vado in porto neanche mi attacco in banchina a meno che non stia più giorni, ho riposto il generatore in garage.
A proposito di generatore, non hai detto che tipo di caricabatterie hai, se non è di tipo moderno "switching" è probabile che non accetti l'onda del generatore e non carichi quasi nulla.