Bene, da queste informazioni pare che l'impianto attuale prevedesse l'uso in parallelo delle batterie (posizione both), soprattutto visto che il positivo del caricabatterie e' attestato direttamente sul polo di una batteria, e questo implica che per caricare entrambe le batterie queste devono essere in parallelo. Come dice Marco, se le vuoi separare non e' importante saperne la storia, ma ci aiuta a capire come realizzare la modifica. Separandole, dovrai decidere come provvedere alla ricarica; ad esempio potresti:
- collegare il caricabatterie e l'alternatore a monte del selettore 1-2-both, in modo da selezionare manualmente la batteria da ricaricare; in questo caso, sarebbe bene evitare di utilizzare la posizione di both, perche' una volta che due batterie lavorano separatamente assumono stati di carica e potenziali diversi, e rimettendole in parallelo si avra' un travaso di corrente dalla batteria piu' carica a quella meno carica, che puo' portare nel migliore dei casi al deterioramento delle batterie; questa soluzione e' economica, ma richiede operativita' manuale e attenzione (anche l'alternatore puo' soffire da usi impropri).
- collegare l'alternatore ad un ripartitore di carica (meglio se non a diodi, che causano un calo di tensione, o meglio ancora se hai un po' di soldini da spendere, prendi un ripartitore di carica attivo con regolatore di carica a 3 o 4 step), e compri un caricabatterie con due uscite separate (o ne compri un altro da affiancare a quello che hai gia', o te ne freghi del caricabatterie sulla batt. motore, che potrebbe bastare ricaricarla con l'alternatore); il 1-2-both lo butti e lo sostituisci con una serie di staccabatterie separati (magari ne metti uno anche per cortocircuitare le batterie, nel caso una vada in avaria)
- collegare il caricabatterie e l'alternatore alla batteria servizi, e poi installare tra la batt. servizi e quella motore un parallelatore che si occupa, monitorando lo stato delle batterie, di trasferire piccola parte della ricarica alla motore dando priorita' alla servizi; lo 1-2-both fa la stessa fine di prima

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ah, a prescindere, un bello staccabatterie generale sul negativo!