cavo rosso e cavo nero, domanda banale....

[AndreaB72]

Molte barche hanno il filo dell'alternatore di 16mmq, che ha un rating di circa 60A (spiccioli in più o meno a temperatura ambiente e libero).
È un dimensionamento che poteva essere sufficiente per le barche di una volta, con batterie piccole che stavano sempre carichema oggi è un po' anacronistico. Assumendo che tu abbia un alternatore da una 70ina di Ampere, immagino che che tu abbia picchi di 50A e una corrente tipica di 20-30A (o anche meno).
I 16mmq potrebbero andare bene, ma ti suggerirei di sostituirlo con un 25 o anche 35mmq, specialmente se prevedi di metterlo in un corrugato dove ovviamente non passa molta aria.
La possibile criticità nel mettere tutto dentro lo stesso corrugato è che avrai due cavi non protetti (quelli che portano la corrente al motorino di avviamento) molto vicini fra loro insieme ad un altro positivo potenzialmente a rischio pure lui. Il cavo dell'alternatore in realtà è un rischio limitato perchè avrai un ripartitore a diodi (immagino) che impedisce ad un corto fra il ripartitore stesso e l'alternatore di generare problemi. Gli altri due cavi, quelli che vanno al motorino di avviamento non peggiorano il rischio tipico che hai già: tipicamente rosso e nero vengono tenuti intenzionalmente vicini con la fascette, quindi generando lo stesso rischio di averli nel corrugato.
In pratica, metti un cavo più grando per l'alternatore e butta pure tutto dentro un corrugato (ovviamente evitando curve strane e bloccandolo bene, perchè le vibrazioni potrebbero in teoria danneggiare l'isolamento dei cavi).